وفي الـ11 من أبريل/نيسان 2010 شهد السودان انتخابات برلمانية ورئاسية، وحققت الحركة الشعبية لتحرير السودان نتائج كاسحة فيها، كما انتخب سلفاكير رئيسا لجنوب السودان بنسبة 93% من أصوات الناخبين.
تولى سلفاكير رئاسة دولة جنوب السودان التي أعلن عنها بعد استفتاء
تقرير المصيرفي التاسع من يناير/كانون الثاني 2011.
ومع حلول النصف الأخير من عام 2013 دبت الخلافات بين سلفاكير وعدد من قادة الحركة الشعبية، وفي مقدمتهم نائبه رياك مشار الذي ينحدر من قبيلة النوير، ليتطور بعدها في منتصف عام 2013 إلى اتخاذ سلفاكير قرارا بإقالة مشار قبل أن يعلن في نهاية العام ذاته أن حكومته أحبطت محاولة انقلابية يقودها نائبه وأمين عام الحركة
باقان أموم وآخرون.
وفور إعلان إحباط المحاولة الانقلابية انقسم جيش دولة جنوب السودان بين قوتين، الأولى -وهي الحاكمة- بقيادة سلفاكير، والثانية -وهي المتمردة- بقيادة رياك مشار.
واندلعت اشتباكات مسلحة بين الطرفين خلفت مئات القتلى وعشرات آلاف المهجرين تدخلت على إثرها الأمم المتحدة، حيث تم التوصل إلى اتفاق سلام بين رياك مشار وخصومه عام 2015 في أديس أبابا، عاد على إثرها مشار إلى جوبا ليشغل منصبه السابق نائبا للرئيس في حكومة وحدة وطنية جديدة.
وقد تحفظ ميارديت على بعض بنود الاتفاق، فيما نسبت حينها تقارير إعلامية للمتحدث باسم الخارجية الأميركية جون كيربي قوله "إن
واشنطن ستحاسب الزعماء الذين ينتهكون هذا الاتفاق، وسوف تؤيد تطبيق العقوبات ضدهم" وتأكيده عدم اعتراف واشنطن بتحفظات سلفاكير. وتلا هذا التصريح تهديد
مجلس الأمن مساء الثلاثاء الـ25 من أغسطس/آب 2015 بالتحرك فورا إذا لم يوقع سلفاكير اتفاق السلام لإنهاء
النزاع المستمر في البلاد.
غير أن الاتفاق لم ينجح في وضع حد نهائي للخلافات بين الجانبين، إذ سرعان ما كانت الاشتباكات المسلحة تندلع بين القوات المؤيدة لكل طرف، كان من بينها اشتباكات اندلعت في بداية يوليو/تموز 2016 بجوبا خلفت نحو ثلاثمئة قتيل.
وقد سارع كل من رياك مشار والرئيس سلفاكير ميارديت إلى مطالبة أنصارهما بوقف القتال، غير أن تقارير إعلامية تحدثت عن استمرار الاشتباكات بشكل متقطع في مناطق مختلفة.
وضع دفع الأمين العام للأمم المتحدة
بان كي مون لمطالبة مجلس الأمن الدولي باتخاذ إجراءات تشمل فرض حظر على توريد السلاح إلى دولة جنوب السودان، وتوسيع العقوبات على القادة السياسيين والعسكريين الذين يعرقلون تنفيذ اتفاق السلام.
كما طلب بان تعزيز قوات حفظ السلام الأممية في جنوب السودان بوسائل تشمل مروحيات هجومية لتمكينها من حماية المدنيين، وحث الدول المساهمة في هذه المهمة على عدم الانسحاب منها، وسط تقارير تحدثت عن فرار عشرات الآلاف من القتال الذي دار في جوبا.