أعلن بونغو الابن التخلي عن حصته من ميراث أبيه لصالح الشعب الغابوني، وتنازل عن فندقين في فرنسا كانا ضمن هذه الحصة لصالح الدولة الغابونية.
ويُتهم بأنه اتسعت ممارسات الفساد في فترة حكمه، وأوقفت السلطات الفرنسية مدير ديوانه بتهمة تلقي رشى من شركة أجنبية مقابل منحها صفقة، وقد أثارت الحادثة توترا في العلاقات الدبلوماسية بين البلدين.
فشل علي بونغو في الحفاظ على كسب الموقف الفرنسي لصالحه خلافا لبونغو الأب الذي احتفظ بعلاقات وثيقة مع باريس، وتجلى ذلك في تصريح لرئيس الوزراء الفرنسي
مانويل فالس أوائل 2016 سخر فيه من طريقة انتخاب بونغو عام 2009، فاستدعت الغابون سفيرها بفرنسا احتجاجا على هذا التصريح.
أعيد انتخابه في الانتخابات الرئاسية التي نُظمت يوم 27 أغسطس/آب 2016، بعد إعلان نجاحه بفارق ضئيل على منافسه مرشح المعارضة الرئيسي
جان بينغ، وقد أثار إعلان النتائج أحداث عنف في البلاد بسبب اعتراض بينغ وأنصاره على النتائج.
في أكتوبر/تشرين الأول 2018 تعرّض لجلطة دماغية أضعفته بدنيا، وصار يعاني صعوبات كبيرة في الحركة والنطق، وبقي 10 أشهر دون ظهور علني.
وفي يناير/كانون الثاني 2019 أعلن قائد الحرس الرئاسي الإطاحة ببونغو في بيان أذيع على التلفزيون الرسمي، لكن الانقلاب العسكري فشل بعد ساعات.
وفي الانتخابات التي جرت في 26 أغسطس/آب 2023، كان بونغو يستعد لبدء فترة رئاسية ثالثة بعيد إعلان لجنة الانتخابات فوزه في الاقتراع، قبل أن يعلن عسكريون رفضهم نتائج الانتخابات وحل مؤسسات الدولة.
حصل بونغو على 64.2% من الأصوات، متقدما على مرشح المعارضة ألبيرونتو أوسا الذي حصل على 30.7%، بعد اقتراع شهد تأجيلات وطعنت المعارضة في نتائجه.
وجاء بيان الضباط بعد ساعات قليلة من إعلان لجنة الانتخابات، ورفض فريق بونغو مزاعم أوندو أوسا بحدوث مخالفات انتخابية.