أُسست المنظمة في برلين بألمانيا عام 1993، في فترة انتشر فيها الفساد داخل المؤسسات وأصبحت الرشاوى تسجل مصاريف تجارية ضمن الملفات الضريبية، فبادر المسؤول المتقاعد من البنك الدولي بيتر أيغن، مع 9 آخرين، إلى تأسيس منظمة تسعى لتغيير الوضع القائم.
وعام 1995 أصدرت المنظمة أول تقرير لها من "مؤشر مدركات الفساد" وشمل 45 دولة، قيّمت على أساس مستويات الفساد التي أمكنهم ملاحظتها والوصول إليها، وانتشر على الصعيد الدولي بعدما تلقفته وسائل الإعلام، وصارت الدول تتنافس على تحسين تصنيفاتها.

تعمل المنظمة عالميا على الدفاع عن سياسات مكافحة الفساد عبر التواصل مع صناع القرار وذوي المناصب، مثل مجموعة العشرين، وأيضا إلى جانب التحقيقات في قضايا الفساد الكبيرة، وتنتج بيانات مقارنة تقيس مدى انتشار الفساد، وانتقاله عبر الحدود.
أما وطنيا، فتحارب المنظمة الفساد عبر فروعها الإقليمية، وتطالب بتشريعات جديدة، وتتعاون مع الوزارات والحكومات لتحقيق أهدافها، ومحليا تركز على العمل مع الأفراد والمنظمات ضد الفساد عبر مراكزها القانونية التي تزيد على 60 مركزا.
وتبدأ عملها بالبحث عن الفساد ومن ثم دراسته وتحليله من حيث كيفية مكافحته، وبعدها تقيّمه باستخدام "أدواتها ومنهجياتها في قياس الفساد" باستقلالية، كما تتعاون مع الصحفيين الاستقصائيين بهدف كشف الجرائم المالية العالمية.
ولا تجري المنظمة تحقيقات مباشرة في قضايا الفساد، بل تجمع كبار المسؤولين في الحكومة وقطاع الأعمال والمجتمع المدني والإعلام وتطالب بتعزيز الشفافية وتضغط من أجل تنفيذ إجراءات فعالة لمكافحة الفساد.
وتدار الشفافية الدولية من مجلس إدارة ينتخب سنويا في الاجتماع السنوي للفروع الوطنية والأعضاء، وتصدر المنظمة تقارير سنوية عدة، من بينها "تقرير الفساد العالمي" و"مؤشر مدركات الفساد"، إضافة إلى كتب متخصصة حول قضايا معينة وبلدان محددة، وأيضا جوائز النزاهة للأفراد الذين كشفوا عن قضايا فساد داخل بلدانهم.
وتتلقى المنظمة تمويلها الأساسي من وكالات التنمية الحكومية والمؤسسات الخيرية، إضافة إلى تمويلات مخصصة لبعض مشاريعها من المنظمات الدولية والشركات الخاصة، لكن بشكل يضمن استقلاليتها، ولديها دخل محدود من مبيعات منشوراتها ومكافآت من مشاركاتها الرسمية أو محاضرات تشارك بها.

وتركز المنظمة على 5 مجالات، أولها الفساد في السياسية، عبر وضع حد لإساءة استخدام السلطة والإفلات من العقاب، والتأكد من عملها للصالح العام وحماية العملية الانتخابية، ومحاسبة أصحاب النفوذ والقضاء على الرشوة وتدفقات الأموال غير المشروعة وتبييضها.
وأيضا الفساد في القطاع الخاص، عبر مراقبة نزاهة الأعمال والتركيز على الثغرات في النظام المالي، التي تسهل سرقة أموال الناس وغسلها وإخفاءها، إضافة إلى الفساد في العقود والمشتريات العامة والفقر والتنمية والاتفاقيات الدولية لمكافحة الفساد.
وإلى جانب ذلك تغطي مجالات أخرى من بينها:

أطلق المؤشر لأول مرة عام 1995، وصارت كثير من الدول بعدها تدرج قضية الفساد ضمن أولوياتها الدولية. ويعتمد المؤشر على تقييمات الخبراء، إضافة إلى استطلاعات الرأي من أجل قياس مستوى الفساد الإداري في القطاع العام، وعلى أساسها تصنف المنظمة الدول بناء على ما استطاعت الوصول إليه.
ترتب الدول على أساس تقييم من 100 درجة، يبدأ من 0 (فاسد جدا) إلى 100 (نزيه جدا)، ويشمل 180 دولة، ولضمان الشفافية الدولية تجري المنظمة مسوحات وتتواصل مع رجال الأعمال والمحللين في الخارج والداخل لكل دولة، وتسجل ملاحظاتهم وآراءهم حول مدى الفساد الحاصل.
ويتعرض المؤشر لانتقادات، منها أن الدول تتأثر بماضيها، فمهما تحسن أداؤها قد يتأثر التقييم بالسمعة القديمة، وهو الأمر الذي ربما لا يعكس الدقة التامة للتغيير، خاصة في التقارير المتتابعة زمنيا.

تبنت منظمة التعاون والتنمية الاقتصادية عام 1996 توصيات منظمة الشفافية الدولية التي تحث الأعضاء على رفض خصم الرشاوى من الضرائب، كما اعتمدت منظمة الدول الأميركية أول اتفاقية إقليمية لمكافحة الفساد. وأصدرت المنظمة أول كتبها حول الشفافية الدولية في العام نفسه.
استطاعت المنظمة عام 1997 حثّ 34 دولة عضو في منظمة التعاون الاقتصادي والتنمية على سن قوانين تجرم الرشاوى للمسؤولين في دول أخرى، وتوقيع اتفاقية ألزمت ملاحقة المخالفين، وعلى إثرها اضطرت الولايات المتحدة الأميركية عام 2014 إلى دفع 1.56 مليار دولار غرامة لمخالفتها قانون الرشاوى الأجنبية.
ومع دخول عام 1998، شمل تقرير مؤشر مدركات الفساد 85 دولة، كما انضم الرئيس الأميركي الراحل جيمي كارتر إلى المجلس الاستشاري للمنظمة.
في عام 1999 كشفت المنظمة عن أول مؤشر لدافعي الرشاوى الذي يصنف الدول وفقا لاحتمال تصدير الرشاوى من دولة إلى دول أخرى.

ومع بداية الألفية تعاونت المنظمة مع 11 بنكا لإنشاء مبادئ دولية لمكافحة غسيل الأموال، ونظمت أول جائزة للنزاهة عرفت في ما بعد باسم جائزة الشفافية الدولية العالمية لمكافحة الفساد.
عام 2003 اعتمدت الأمم المتحدة اتفاقية مكافحة الفساد، ووقعتها 140 دولة، وكانت أول اتفاقية من نوعها عالميا، ودخلت حيز التنفيذ عام 2005، وأصدرت المنظمة أول تقرير متابعة حول تطبيق الاتفاقية.
عام 2006 تعاونت المنظمة مع منظمات حكومية أخرى في تأسيس شبكة نزاهة المياه بهدف تعزيز النزاهة في قطاعي المياه والصرف الصحي عالميا.
وفي العام نفسه، وسعت الشفافية الدولية نطاق أبحاثها، وشمل مؤشر مدركات الفساد 163 دولة، بينما شمل مقياس الفساد العالمي استطلاعات في 60 دولة، وغطى مؤشر دافعي الرشاوى 30 دولة.
في مايو/أيار 2008، أثارت منظمة الشفافية الدولية جدلا واسعا عقب نشر تقريرها المعنون "شفافية زيادة الدخل"، وقالت فيه إن الشركة النفطية الفنزويلية المملوكة للدولة فشلت في الإفصاح عن معلومات جوهرية، بناء على ذلك، صنّف التقرير الشركة في المرتبة الأدنى ضمن تقييم الشفافية الضريبية لشركات النفط.
وأظهرت النتائج لاحقا أن تقرير الشفافية الدولية كان غير دقيق، إذ كانت جميع البيانات المطلوبة متاحة بشكل علني. وأثار هذا الخطأ اتهامات ضد المنظمة بالتحامل المتعمد على الحكومة الفنزويلية.

وفي العام نفسه، نشرت المنظمة أول تقرير عن شفافية صناعة النفط والغاز، وضغطت على مجموعة العشرين لأجل العمل على إصلاحات تشريعية.
وأثبتت المنظمة أن الفساد يحد من تأثير الاستثمار في جهود التصدي للمناخ، حسب تقريرها الذي نشرته بعنوان "الفساد العالمي: تغير المناخ" عام 2011.
واتهمت المنظمة الدولية للشفافية اتحادَي كرة القدم الدولي (فيفا) والأوروبي (يويفا) عام 2013 بعدم الفعالية في مكافحة الفساد، على خلفية الكشف عن تورط 13 بلدا أوروبيا في شبكة إجرامية تتلاعب بنتائج مباريات كرة القدم.
وفي عام 2015، قالت منظمة الشفافية الدولية إن سوق العقار اللندني أصبح "ملاذا لغسيل الأموال والتهرب الضريبي"، وإن العاصمة البريطانية لندن أصبحت ملاذا للأموال المهربة عبر العالم، مشيرة إلى أنها استندت في هذه النتيجة إلى بيانات مصالح التسجيل العقاري ووحدة محاربة الفساد في الشرطة البريطانية المعروفة باسم سكوتلانديارد.
وأطلقت الشفافية الدولية مركز المعرفة لمكافحة الفساد عام 2017، كما أنشأت الائتلاف العالمي لمكافحة الفساد وهو مشروع تعاوني مع الصحافة الاستقصائية.
وفي عام 2025، أشار تقرير الشفافية الدولية (مؤشر مدركات الفساد لعام 2024) إلى أن الفساد لا يزال متجذرا بعمق في مختلف أنحاء الشرق الأوسط وشمال أفريقيا، إذ لم تشهد المنطقة سوى تقدم ضئيل على مدى السنوات الـ12 الماضية، وارتفع متوسط درجاتها بنقطة واحدة فقط إلى 39، وهو أقل بكثير من المتوسط العالمي البالغ 43.
وحذرت منظمة الشفافية الدولية من أن مستويات الفساد العالمية لا تزال مرتفعة بشكل مثير للقلق، مع تعثر الجهود المبذولة للحد منها، وربطت بين مستويات الفساد المرتفعة وتراجع جهود مكافحة التغير المناخي.